党的十一届三中全会以后，党在进行经济体制改革的同时提出了政治体制改革的设想。作为党的助手的共青团在体制改革方面作了积极探索。这次探索主要围绕“明确团的职能、扩大团内民主、改革组织制度、克服行政化倾向、转变活动方式、增强基层活力、参与民主政治”等方面来进行，目的是更好地发挥共青团在社会生活中的积极作用。
共青团体制改革的酝酿
在改革开放的大潮中，共青团过去形成的运行机制遇到了前所未有的严重挑战：团的社会职能在实际工作中不够明确；团内民主不够充分；许多团组织在先进性和群众性两方面都存在不足；青年组织和青年工作缺乏法定地位和法律保证。这些问题，一方面是共青团内部机制不适应，团的体制上的弊端，各级团组织不同程度地存在行政化的倾向，党团不分、政团不分，官办色彩过浓，群团特点不突出，不能全面代表和维护青年的具体利益，存在脱离青年群众的现象。另一方面是团的工作缺乏必要的外部条件，面临许多实际困难。要切实、有效地解决这些弊端和困难，共青团必须进行改革。
1987年2月团中央书记处从各部门抽调人员组成改革研讨小组，酝酿共青团体制改革方案。起草了《关于青年工作和共青团改革的初步设想》，并向党中央政治体制改革研讨组汇报，得到他们的关注。1987年10月，党的十三大提出了进行政治体制改革的蓝图，对包括共青团在内的群众团体改革提出了原则要求。报告指出：“工会、共青团、妇联等群众团体历来是党和政府联系工人阶级和人民群众的桥梁和纽带，在社会主义民主生活中具有重要作用。要理顺党和行政组织同群众团体的关系，使各种群众团体能够按照各自的特点独立自主地开展工作，能够在维护全国人民总体利益的同时，更好地表达和维护各自所代表的群众的具体利益。群众团体也要改革组织制度，转变活动方式，积极参与社会协商对话、民主管理和民主监督，把工作重点放在基层，克服‘官’气和行政化倾向，赢得群众特别是基层群众的信任。”
根据党的十三大的精神，团中央拟订了《关于共青团体制改革的基本设想（讨论稿）》，提交在1987年12月召开的团的十一届六中全会进行讨论，获得原则通过，并同意将其主要内容写进团的十二大报告。
1988年5月4日至8日共青团第十二次全国代表大会在北京召开，大会通过了《关于共青团体制改革的基本设想》，8月得到了中共中央书记处原则同意。
《共青团体制改革的基本设想》提出共青团体制改革的主要内容是：（1）明确共青团的社会职责；（2）代表和维护青年的具体利益；（3）参与社会协商对话；（4）改革团的组织制度；（5）改革团的干部人事制度；（6）建立民主决策和民主监督机制；（7）转变活动方式，放开搞活基层；（8）扩大团的活动经费来源。
共青团体制改革的全面推进
团的十二大以后，共青团体制改革积极稳妥、循序渐进，在各个领域全面展开，发动面之广，进展速度之快是前所未有的，呈现出以下几个基本特征：
第一，把传达贯彻团十二大精神变成发动和部署团的体制改革的过程。大多数省级团委从本地区本部门的实际出发，研究制定了推进团的体制改革的具体措施，通过举办培训班、举行报告会、开展对话活动等形式，帮助广大团干部、团员和青年弄清团的体制改革的目的、原则、内容、方法、步骤，掌握团的体制改革设想的基本内容。由于各级团组织把团的体制改革作为一项中心工作，抓得及时有力，团的体制改革进展速度较快，形成了全面发展的有利局面。
第二，联系实际，因地制宜，把团的体制改革方案地方化、行业化、具体化。从团十二大召开到1988年年底，全国有20个省级团委研究制定了团的体制改革的设想或方案，在研究制定方案的过程中，各地的团组织坚持实事求是的原则，从本地区、本部门、本行业的出发，创造性地贯彻落实团十二大关于团的体制改革的基本精神，形成具有地方或行业特色的改革方案。
第三，务虚与务实相结合。在推进团的体制改革的过程中，有不少地方的团组织比较重视对团的体制改革进行理论研究，把务虚与务实有机地结合起来，力求从理论上回答和解决在改革中遇到的问题，为深化团的体制改革提供理论依据。如有些地区的团组织召开了团的体制改革研讨会，对团的体制改革的有关理论问题进行了认真的研究和探讨，为当地团的体制改革实践提供了有效的理论指导。
第四，优化外部条件与完善内部机制相结合。各地团组织在改革的过程中，还注意了上下结合，内外并举，在健全全团的内部机制的同时，优化团的工作的外部条件。一是努力争取党的领导对团的工作的重视和支持。如许多地市的党政领导部门都就共青团工作专门下发了文件，同时，为加强和改善党对团的领导，促进团的体制改革，扩大团的经费来源作出了原则性的规定；二是为团的工作建立法律依托，努力使团的活动方式转入法制的轨道。许多地市的有关青少年的立法工作进展加快，有的地方通过了青少年保护条例。
在完善内部机制方面，一是进一步贯彻团十二大提出的改革开放条件下共青团工作的指导思想，努力做到在发展生产力中起作用，在四化建设中育新人，二是完善团的社会职能，注重代表和维护青年的具体利益。如有不少地方的团组织在机构改革中增设了维权部门；三是努力扩大团内民主，按照民主、公开的原则，进一步完善了团内民主选举制度，加强了民主决策与监督；四是加强团员管理，扩大经费来源。团员证制度基本得到了贯彻和执行，许多有条件的团组织在积极筹办和试办团办实体。五是转变活动方式，团的活动开始逐渐由上层转向基层，由指令转向指导、由分散转向联合，由独干转向社会化。
第五，宏观指导与抓好试点相结合。团中央一方面加强宏观指导，一方面做好试点工作。1988年9月召开了体制改革试点会议，确定28个单位作为全团改革的试点单位。这些试点单位率先行动，大胆稳妥地进行探索和试验，走在全团的前面。各地团组织认真抓好自己试点，从点上实施突破，取得进展，从而为改革的全面进行奠定了基础，积累了经验。
共青团体制改革取得的成效
团中央在党中央统一部署下，坚持共青团体制改革的目标，经历了1989政治风波和国际共产主义运动出现逆流的两次重大考验，团的体制改革取得了明显的成效。
一是团员管理实现规范化。在团内广泛试行选聘制、招聘制和目标任期管理制，实行民主决策、民主选举、民主管理，进一步健全了团的民主机制。如襄樊铁路分局改革选举制度，建立以团代表常任制为核心的团内民主决策、监督、管理机制，健全以民主评议为中心的基层民主生活。
全团实行团员证制度的工作，使团干部、团员两支队伍的管理更加科学和规范。各地团组织还加强了团员的发展工作，不断为团组织增添新鲜血液。与此同时，团组织还积极协助党的组织做好党员的发展工作，认真、负责地向党组织推荐优秀团员作为党的发展对象，使得一大批有志青年入党。
二是适应经济改革的要求，灵活设置团的组织，探索出多种模式。深圳各级团组织建立县区乡镇街道和村三级文化阵地网络，广泛开展青年文化活动。建立共青团工作新载体——社会青年工作载体，文化工作载体，团务工作载体，经济工作载体，活跃了团的工作。牧丹江团组织结合农村商品经济发展的需要，在农村普及团支书兼任村科技副主任的做法，在组织设置上，他们根据企业和农村新的生产、经营体制，实施建立区城型、行业型、流动型团支部的构想。
三是维护青少年权益和推动青少年工作走上法制化。团十二大第一次把代表和维护青少年权益作为共青团的一项重要社会职能，团河北省临西县委在维护青年权益方面作了积极探索。他们创办了“维护青少年权益理事会”，设有青少年综合服务中心，青少年律师事务所，青年婚姻事务所，未成年人犯罪合议庭等机构，先后成功地受理了1100多件侵害青少年的案件。
各级团组织积极开展青少年立法工作，使“维权”工作朝着法制化、规范化的方向迈进。1991年9月召开的全国七届人大常委会第二十一次会议审议并通过了《中华人民共和国未成年人保护法》，并于1992年1月1日正式施行。全国同时还有不少省、区、市也制定并通过了相应的地方性青少年保护法规。
四是团的活动方式在开发利用社会资源方面迈出了可喜的一步。1989年10月，团中央等主办的中国青少年发展基金会启动了以救助贫困地区失学少年儿童为主旨的希望工程。这是共青团组织动员全社会力量维护青少年权益和服务青少年的创新之举，得到党和国家领导人以及全社会的热情支持和积极响应。
五是共青团的外部环境得到优化。1989年12月21日，中共中央发出《关于加强和改善党对工会、共青团、妇联工作指导的通知》，正确解决了加强和改善共青团工作的一系列重大问题，为共青团工作创造了明显优化的外部环境。
六是团属事业得到发展。一批新型团办经济实体相继出现，创造了一定的效益和规模，增强了团的经济实力。团天津市西郊区委用借船出海、滚动发展等方式创造出一条创新经费的新路，大大地缓解了团的经费紧张的状况。
由于共青团能够主动地在改革全局中进行自身改革的探索，团的各方面工作都得到了普遍的发展。